Одеський державний екологічний університет Міністерства освіти і науки України був заснований 1 травня 1932 року в місті Харкові – тогочасній столиці України як Харківський інженерний гідрометеорологічний інститут. З липня 1944 року за рішенням Радянського уряду був переведений в Одесу та перейменований в Одеський гідрометеорологічний інститут (ОГМІ).

Всебічний розвиток вищого навчального закладу, постійне вдосконалювання навчального й наукового процесів, розвиток матеріально-технічної бази дало підставу Уряду України для перетворення Одеського гідрометеорологічного інституту в університет. 9 серпня 2001 року розпорядженням Кабінету Міністрів України на базі ОГМІ був створений Одеський державний екологічний університет (ОДЕКУ).

За 88 років своєї історії університет розвивав дві специфічні області підготовки кадрів та наукових досліджень. З одного боку, історично, в ньому розвивався унікальний для України напрям, пов'язаний з підготовкою інженерних та наукових кадрів в області гідрометеорології і моніторингу стану природного навколишнього середовища. З другого боку, специфіка гідрометеорологічного напряму підготовки, забезпечила формування міцної кадрової, методичної і наукової основи для створення в університету системи вищої екологічної освіти. На сьогодні Одеський державний екологічний університет є унікальним вищим навчальним закладом IV рівня акредитації по підготовці фахівців з вищою освітою в області гідрометеорології, екології, моніторингу та охорони навколишнього середовища, організації природоохоронної діяльності, екологічного права і екологічного аудиту, геодезії та землеустрою, сталого туризму, водних біоресурсів і аквакультури, охорони, відтворення та раціонального використання гідробіоресурсів, економіки та менеджменту природокористування, автоматизованих систем моніторингу навколишнього середовища, геоінформаційних систем та технологій.

На сьогодні до складу структурних підрозділів ОДЕКУ входять: Херсонский гідрометеорологічний фаховий коледж та Одеський коледж комп’ютерних технологій, навчально-науковий гідрометеорологічний інститут, три факультети (природоохоронний, комп’ютерних наук, управління та адміністрування, магістерської підготовки), навчально-консультаційний центр заочний і дистанційної форм навчання, центр післядипломної освіти, підготовче відділення, деканат по роботі з іноземними студентами, центр міжнародного співробітництва тощо. Для забезпечення практичної підготовки в університеті діють навчальні лабораторії, науково-навчальні бази практик:

• гідроекологічна - на р. Дністер у с. Маяки (для підготовки гідрологів, гідрографів, екологів і фахівців в області іхтіології й водних біоресурсів),
• геофізична - на березі Чорного моря в районі Отради (для підготовки океанологів, гідрографів, метеорологів і екологів),
• метеорологічна - у смт. Чорноморка (для підготовки метеорологів, агрометеорологів, радіометеорологів і екологів),

В університеті працює об’єднаний обчислювальний центр, бібліотека та читальні зали із загальним фондом навчальної та наукової літератури близько 500 тис. томів, з 2005 року працює електронна бібліотека університету та репозитарій.

В Одеському державному екологічному університеті активно працює докторантура, аспірантура та ад’юнктура, діють три спеціалізовані Вчені ради по захисту докторських та кандидатських дисертацій з п’яти наукових спеціальностей. Нині на 21 кафедрі університету успішно ведуть педагогічну і наукову роботу близько 200 науково-педагогічних співробітників і наукових працівників, більше 2/3 з них мають вчену ступінь кандидата або доктора наук, 15 викладачів і науковців ОДЕКУ - дійсні члени (академіки) і члени-кореспонденти різних академій України, країн СНД, Європи та Сполучених Штатів.

Структура навчального процесу в ОДЕКУ наближена до міжнародних стандартів. З 2004 року підготовка фахівців півнів вищої освіти відповідає структурі та вимогам стандартів кредитно-накопичувальної системи організації навчального процесу. Всі спеціальності, по яких здійснюється підготовка здобувачів вищої освіти в ОДЕКУ, акредитовані за IV рівнем.