Для забезпечення практичної підготовки в університеті діють навчальні лабораторії, науково-навчальні бази практик:

• гідроекологічна - на р. Дністер у с. Маяки (для підготовки гідрологів, гідрографів, екологів і фахівців в області іхтіології й водних біоресурсів),
• геофізична - на березі Чорного моря в районі Отради (для підготовки океанологів, гідрографів, метеорологів і екологів),
• метеорологічна - у смт. Чорноморка (для підготовки метеорологів, агрометеорологів, радіометеорологів і екологів),

В університеті працює об’єднаний обчислювальний центр, бібліотека та читальні зали із загальним фондом навчальної та наукової літератури близько 500 тис. томів, з 2005 року працює електронна бібліотека університету та репозитарій.

В Одеському державному екологічному університеті активно працює докторантура, аспірантура та ад’юнктура, діють три спеціалізовані Вчені ради по захисту докторських та кандидатських дисертацій з п’яти наукових спеціальностей. Нині на 21 кафедрі університету успішно ведуть педагогічну і наукову роботу близько 200 науково-педагогічних співробітників і наукових працівників, більше 2/3 з них мають вчену ступінь кандидата або доктора наук, 15 викладачів і науковців ОДЕКУ - дійсні члени (академіки) і члени-кореспонденти різних академій України, країн СНД, Європи та Сполучених Штатів.

Структура навчального процесу в ОДЕКУ наближена до міжнародних стандартів. З 2004 року підготовка фахівців півнів вищої освіти відповідає структурі та вимогам стандартів кредитно-накопичувальної системи організації навчального процесу. Всі спеціальності, по яких здійснюється підготовка здобувачів вищої освіти в ОДЕКУ, акредитовані за IV рівнем.